在办理食品FDA注册时，还需注意注册豁免情况，大多数农场、零售食品机构、饭店、非盈利食品企业、渔船、只受到美国农业部（USDA）监管的企业可以免予注册。
确定是否需注册：判断产品是否属于FDA监管范围内的食品，一般加工食品、包装食品、冷冻食品等，以及食品添加剂、膳食补充剂等可能都需要进行FDA注册。
选择美国代理人：国外公司或工厂在进行FDA注册时，必须指定一名在美国的代理人。美国代理人负责紧急情况和日常事务交流，需居住在美国或在美国设有营业地，能够在正常工作时间内接听电话。
注册前准备：
准备企业相关信息，包括企业名称、地址、电话、邮箱等，企业邮箱建议不使用163、126、QQ及公司邮箱。
准备企业唯一识别码（UFI码，即邓白氏码），需事先登录邓白氏网站注册获得。
确定适用的企业食品类别和加工类别等信息。
登录注册系统：访问美国FDA注册网址，新用户先注册账号，填写具体信息并设置登录密码，密码要求是字母（必须是大小写的组合）、数字、特殊符号的组合。注册成功后，系统会自动分配登陆的ID。
进入食品企业注册页面：在账户管理页面点击“食品企业注册（Food Faclity Registration）”，进入企业注册主页面，再点击“食品企业注册（Register a Food Facility）”进入食品企业注册模块页面。
填写注册信息：注册信息模块页面共有12部分内容，可逐一点击标题条填写，系统会对每一部分填写内容进行内置条件判断，匹配成功后方可进入下一部分填写。必填内容包括企业注册类型、企业名称、地址、电话及邮箱信息等。
提交注册信息：注册信息全部填写完毕后，慎重检查确认，而后点击“submit”键，提交注册信息。提交之后等待代理人进行确认。当代理人填写相关确认码后，系统将给出注册号和PIN码，企业需妥善保管这些信息。
注册更新：应按要求在每个偶数年的10月1日至12月31日期间提交再注册申请；在企业的所有者、经营者或负责代理人关于任何必需信息发生任何变动的60个日历日内进行注册更新。
