如果系统用户发现轻微、重大或严重的不符合项，例如在审核期间，CB和ISCC应采取如下所述的具体措施和制裁。
系统用户的轻微不符合项包括但不限于：
>缺乏没有严重影响的文件和信息要求（例如关于公司内部管理流程、内部培训或内部审计）
>ISCC要求在没有严重影响的情况下未充分实施到管理体系中（例如，关于公司内部组织结构图）
必须在CB规定的最长12个月或直到下一次审核（监督或重新认证审核）的时间范围内，通过实施适当的纠正措施来纠正轻微的不符合项。CB必须最迟在下次审核期间验证更正。此外，ISCC 可能会向系统用户发出警告。警告可能伴随着合理的措施（例如在关键控制点对员工进行额外培训），以确保未来符合ISCC要求。
系统用户的主要不符合项包括但不限于：
>发布可持续性声明或可持续性证明根据ISCC欧盟系统文件203的材料，尽管在发送可持续材料（实物交付）时没有有效的证书。在纸交易商的情况下尽管在签发时没有有效的证书，但仍签发可持续性声明或可持续性证明
>多次销售一批可持续材料
>将生物质或其他材料或产品核算或申报为可持续的，尽管材料或产品的可持续性无法完全追踪、验证或确认。
>农场或种植园级别的重大不符合项，例如不符合ISCC分类为“即时”的要求
>材料或产品的虚假申报或重新贴标签，尤其是在废物和残留物的情况
>向可持续材料的接受者提供虚假的温室气体信息，特别是（个人）温室气体排放值
>多次声明一批可持续材料的数量或可持续性特征（例如温室气体减排），例如，在不同的欧盟成员国或涵盖相同可持续性特征的不同制度下
>未经ISCC同意直接提及ISCC或使用ISCC标志进行虚假声明
>不符合欧盟报告要求
